A Operação de Transbordo consiste na remoção de produto de um determinado local (caminhão, silo, entre outros), para um vagão e vice-versa. Essa operação caracteriza permanência do produto em uma unidade armazenadora, cuja destinação é norteada pelas demandas do mercado interno e externo.

Exige a presença de vagões vazios, limpos e fechados para o processo, que se baseia na pesagem do vagão vazio feita pela balança ferroviária. Da carga do vagão é retirada amostra para controle de qualidade. São necessárias, também, nova pesagem, e emissão dos documentos fiscais para trânsito de mercadoria.

Para dinamizar as operações foi construído um terminal rodo ferroviário para 40 vagões, destinados às operações de carregamento e transbordo de grãos e farelos, este terminal tem a capacidade de funcionar com 400 toneladas/hora e ainda é provido por um ramal ferroviário que liga aos portos de Santos e Vitória no Espírito Santo. Para dinamizar o sistema de descarga, além de moderno sistema pneumático para a retirada de amostras dos produtos a serem processados e estocados, foram construídos 03 moegas de 200 toneladas cada, equipadas com tombadores hidráulicos que operam desde pequenos caminhões até treminhões, essencial no processo de descarga, o tomador hidráulico, além de diminuir o uso da mão de obra, torna o processo mais ágil e seguro.